EVOLUTION-MANAGER

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### R code from vignette source 'csdacm.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: csdacm.Rnw:53-56 ################################################### owidth <- getOption("width") options("width"=90) .PngNo <- 0 ################################################### ### code chunk number 2: figreset (eval = FALSE) ################################################### ## .iwidth <- 5 ## .iheight <- 6 ## .ipointsize <- 12 ################################################### ### code chunk number 3: csdacm.Rnw:65-66 ################################################### .iwidth <- 5 .iheight <- 6 .ipointsize <- 12 ################################################### ### code chunk number 4: afig (eval = FALSE) ################################################### ## .PngNo <- .PngNo + 1; file <- paste("Fig-bitmap-", .PngNo, ".pdf", sep="") ## pdf(file=file, width = .iwidth, height = .iheight, pointsize = .ipointsize) ## opar <- par(mar=c(3,3,1,1)+0.1) ################################################### ### code chunk number 5: zfig (eval = FALSE) ################################################### ## dev.null <- dev.off() ## cat("\\includegraphics[width=0.95\\textwidth]{", file, "}\n\n", sep="") ################################################### ### code chunk number 6: csdacm.Rnw:109-112 ################################################### myfun <- function(x) { x + 2 } ################################################### ### code chunk number 7: csdacm.Rnw:117-118 ################################################### myfun(1:3) ################################################### ### code chunk number 8: csdacm.Rnw:123-124 ################################################### myfun(x=1:3) ################################################### ### code chunk number 9: csdacm.Rnw:130-133 ################################################### plotXplus2Yminus3 <- function(x, y, ...) { plot(x = x + 2, y = y - 3, ...) } ################################################### ### code chunk number 10: csdacm.Rnw:146-147 ################################################### methods("plot") ################################################### ### code chunk number 11: csdacm.Rnw:152-154 ################################################### library(sp) showMethods("plot") ################################################### ### code chunk number 12: csdacm.Rnw:165-168 ################################################### x <- rnorm(10) class(x) <- "foo" x ################################################### ### code chunk number 13: csdacm.Rnw:177-180 ################################################### plot.foo <- function(x, y, ...) { plot.default(x, type = 'l', ...) } ################################################### ### code chunk number 14: csdacm.Rnw:189-190 ################################################### class(x) <- c("foo", "bar") ################################################### ### code chunk number 15: csdacm.Rnw:192-193 (eval = FALSE) ################################################### ## plot(x) ################################################### ### code chunk number 16: csdacm.Rnw:204-207 ################################################### data(meuse) class(meuse) class(lm(log(zinc)~sqrt(dist), meuse)) ################################################### ### code chunk number 17: csdacm.Rnw:226-227 ################################################### options("width"=60) ################################################### ### code chunk number 18: csdacm.Rnw:229-249 (eval = FALSE) ################################################### ## setClass("CRS", representation(projargs = "character")) ## setClass("Spatial", ## representation(bbox = "matrix", proj4string = "CRS"), ## # NOT TOO WIDE ## validity <- function(object) { ## bb <- bbox(object) ## if (!is.matrix(bb)) ## return("bbox should be a matrix") ## n <- dimensions(object) ## if (n < 2) ## return("spatial.dimension should be 2 or more") ## if (any(is.na(bb))) ## return("bbox should never contain NA values") ## if (any(!is.finite(bb))) ## return("bbox should never contain infinite values") ## if (any(bb[,"max"] < bb[,"min"])) ## return("invalid bbox: max < min") ## TRUE ## } ## ) ################################################### ### code chunk number 19: csdacm.Rnw:251-252 ################################################### options("width"=70) ################################################### ### code chunk number 20: csdacm.Rnw:264-265 ################################################### isGeneric("show") ################################################### ### code chunk number 21: csdacm.Rnw:271-273 (eval = FALSE) ################################################### ## setGeneric("bbox", function(obj) standardGeneric("bbox")) ## setMethod("bbox", signature = "Spatial", function(obj) obj@bbox) ################################################### ### code chunk number 22: csdacm.Rnw:304-315 ################################################### library(sp) setClass("trip", representation("SpatialPointsDataFrame", TOR.columns = "character"), validity <- function(object) { if (length(object@TOR.columns) != 2) stop("Time/id column names must be of length 2") if (!all(object@TOR.columns %in% names(object@data))) stop("Time/id columns must be present in attribute table") TRUE } ) showClass("trip") ################################################### ### code chunk number 23: csdacm.Rnw:328-341 ################################################### trip.default <- function(obj, TORnames) { if (!is(obj, "SpatialPointsDataFrame")) stop("trip only supports SpatialPointsDataFrame") if (is.numeric(TORnames)) TORnames <- names(obj)[TORnames] new("trip", obj, TOR.columns = TORnames) } if (!isGeneric("trip")) setGeneric("trip", function(obj, TORnames) standardGeneric("trip")) setMethod("trip", signature(obj = "SpatialPointsDataFrame", TORnames = "ANY"), trip.default) ################################################### ### code chunk number 24: csdacm.Rnw:348-349 ################################################### turtle <- read.csv(system.file("external/seamap105_mod.csv", package="sp")) ################################################### ### code chunk number 25: csdacm.Rnw:351-360 ################################################### timestamp <- as.POSIXlt(strptime(as.character(turtle$obs_date), "%m/%d/%Y %H:%M:%S"), "GMT") turtle <- data.frame(turtle, timestamp = timestamp) turtle$lon <- ifelse(turtle$lon < 0, turtle$lon+360, turtle$lon) turtle <- turtle[order(turtle$timestamp),] coordinates(turtle) <- c("lon", "lat") proj4string(turtle) <- CRS("+proj=longlat +ellps=WGS84") turtle$id <- c(rep(1, 200), rep(2, nrow(coordinates(turtle)) - 200)) turtle_trip <- trip(turtle, c("timestamp", "id")) summary(turtle_trip) ################################################### ### code chunk number 26: csdacm.Rnw:372-382 ################################################### summary.trip <- function(object, ...) { cat("Object of class \"trip\"\nTime column: ") print(object@TOR.columns[1]) cat("Identifier column: ") print(object@TOR.columns[2]) print(summary(as(object, "Spatial"))) print(summary(object@data)) } setMethod("summary", "trip", summary.trip) summary(turtle_trip) ################################################### ### code chunk number 27: csdacm.Rnw:400-415 ################################################### setGeneric("lines", function(x, ...) standardGeneric("lines")) setMethod("lines", signature(x = "trip"), function(x, ..., col = NULL) { # NOT TOO WIDE tor <- x@TOR.columns if (is.null(col)) { l <- length(unique(x[[tor[2]]])) col <- hsv(seq(0, 0.5, length = l)) } coords <- coordinates(x) lx <- split(1:nrow(coords), x[[tor[2]]]) for (i in 1:length(lx)) lines(coords[lx[[i]], ], col = col[i], ...) } ) ################################################### ### code chunk number 28: csdacm.Rnw:436-437 ################################################### options("width"=50) ################################################### ### code chunk number 29: csdacm.Rnw:439-448 ################################################### setClass("SpatialMultiPoints", representation("SpatialLines"), validity <- function(object) { if (any(unlist(lapply(object@lines, function(x) length(x@Lines))) != 1)) # NOT TOO WIDE stop("Only Lines objects with one Line element") TRUE } ) SpatialMultiPoints <- function(object) new("SpatialMultiPoints", object) ################################################### ### code chunk number 30: csdacm.Rnw:450-451 ################################################### options("width"=70) ################################################### ### code chunk number 31: csdacm.Rnw:458-468 ################################################### n <- 5 set.seed(1) x1 <- cbind(rnorm(n),rnorm(n, 0, 0.25)) x2 <- cbind(rnorm(n),rnorm(n, 0, 0.25)) x3 <- cbind(rnorm(n),rnorm(n, 0, 0.25)) L1 <- Lines(list(Line(x1)), ID="mp1") L2 <- Lines(list(Line(x2)), ID="mp2") L3 <- Lines(list(Line(x3)), ID="mp3") s <- SpatialLines(list(L1,L2,L3)) smp <- SpatialMultiPoints(s) ################################################### ### code chunk number 32: csdacm.Rnw:477-491 ################################################### plot.SpatialMultiPoints <- function(x, ..., pch = 1:length(x@lines), col = 1, cex = 1) { n <- length(x@lines) if (length(pch) < n) pch <- rep(pch, length.out = n) if (length(col) < n) col <- rep(col, length.out = n) if (length(cex) < n) cex <- rep(cex, length.out = n) plot(as(x, "Spatial"), ...) for (i in 1:n) points(x@lines[[i]]@Lines[[1]]@coords, pch = pch[i], col = col[i], cex = cex[i]) } setMethod("plot", signature(x = "SpatialMultiPoints", y = "missing"), function(x, y, ...) plot.SpatialMultiPoints(x, ...)) ################################################### ### code chunk number 33: csdacm.Rnw:513-525 ################################################### cName <- "SpatialMultiPointsDataFrame" setClass(cName, representation("SpatialLinesDataFrame"), validity <- function(object) { lst <- lapply(object@lines, function(x) length(x@Lines)) if (any(unlist(lst) != 1)) stop("Only Lines objects with single Line") TRUE } ) SpatialMultiPointsDataFrame <- function(object) { new("SpatialMultiPointsDataFrame", object) } ################################################### ### code chunk number 34: csdacm.Rnw:531-536 ################################################### df <- data.frame(x1 = 1:3, x2 = c(1,4,2), row.names = c("mp1", "mp2", "mp3")) smp_df <- SpatialMultiPointsDataFrame(SpatialLinesDataFrame(smp, df)) setMethod("plot", signature(x = "SpatialMultiPointsDataFrame", y = "missing"), function(x, y, ...) plot.SpatialMultiPoints(x, ...)) grys <- c("grey10", "grey40", "grey80") ################################################### ### code chunk number 35: csdacm.Rnw:538-539 (eval = FALSE) ################################################### ## plot(smp_df, col = grys[smp_df[["x1"]]], pch = smp_df[["x2"]], cex = 2, axes = TRUE) ################################################### ### code chunk number 36: csdacm.Rnw:546-553 ################################################### .iwidth <- 6 .iheight <- 2.5 .ipointsize <- 10 .PngNo <- .PngNo + 1; file <- paste("Fig-bitmap-", .PngNo, ".pdf", sep="") pdf(file=file, width = .iwidth, height = .iheight, pointsize = .ipointsize) opar <- par(mar=c(3,3,1,1)+0.1) plot(smp_df, col = grys[smp_df[["x1"]]], pch = smp_df[["x2"]], cex = 2, axes = TRUE) dev.null <- dev.off() cat("\\includegraphics[width=0.95\\textwidth]{", file, "}\n\n", sep="") .iwidth <- 5 .iheight <- 6 .ipointsize <- 12 ################################################### ### code chunk number 37: csdacm.Rnw:569-573 ################################################### data(meuse.grid) gridded(meuse.grid)=~x+y xx <- spsample(meuse.grid, type="hexagonal", cellsize=200) class(xx) ################################################### ### code chunk number 38: csdacm.Rnw:581-582 ################################################### HexPts <- spsample(meuse.grid, type="hexagonal", cellsize=200) ################################################### ### code chunk number 39: csdacm.Rnw:584-585 (eval = FALSE) ################################################### ## spplot(meuse.grid["dist"], sp.layout = list("sp.points", HexPts, col = 1)) ################################################### ### code chunk number 40: csdacm.Rnw:587-590 ################################################### HexPols <- HexPoints2SpatialPolygons(HexPts) df <- over(HexPols, meuse.grid) HexPolsDf <- SpatialPolygonsDataFrame(HexPols, df, match.ID = FALSE) ################################################### ### code chunk number 41: csdacm.Rnw:592-593 (eval = FALSE) ################################################### ## spplot(HexPolsDf["dist"]) ################################################### ### code chunk number 42: csdacm.Rnw:599-611 ################################################### .iwidth <- 6 .iheight <- 4 .PngNo <- .PngNo + 1; file <- paste("Fig-bitmap-", .PngNo, ".pdf", sep="") pdf(file=file, width = .iwidth, height = .iheight, pointsize = .ipointsize) opar <- par(mar=c(3,3,1,1)+0.1) library(lattice) # RSB quietening greys grys <- grey.colors(11, 0.95, 0.55, 2.2) print(spplot(meuse.grid["dist"], cuts=10, col.regions=grys, sp.layout = list("sp.points", HexPts, col = 1)), split = c(1, 1, 2, 1), more = TRUE) print(spplot(HexPolsDf["dist"], cuts=10, col.regions=grys), split = c(2, 1, 2, 1), more = FALSE) dev.null <- dev.off() cat("\\includegraphics[width=0.95\\textwidth]{", file, "}\n\n", sep="") .iwidth <- 5 .iheight <- 6 .ipointsize <- 12 ################################################### ### code chunk number 43: csdacm.Rnw:624-631 ################################################### setClass("SpatialHexGrid", representation("SpatialPoints", dx = "numeric"), validity <- function(object) { if (object@dx <= 0) stop("dx should be positive") TRUE } ) ################################################### ### code chunk number 44: csdacm.Rnw:633-634 ################################################### options("width"=40) ################################################### ### code chunk number 45: csdacm.Rnw:636-644 ################################################### setClass("SpatialHexGridDataFrame", representation("SpatialPointsDataFrame", dx = "numeric"), # NOT TOO WIDE validity <- function(object) { if (object@dx <= 0) stop("dx should be positive") TRUE } ) ################################################### ### code chunk number 46: csdacm.Rnw:646-647 ################################################### options("width"=70) ################################################### ### code chunk number 47: csdacm.Rnw:664-669 ################################################### HexPts <- spsample(meuse.grid, type="hexagonal", cellsize=200) Hex <- new("SpatialHexGrid", HexPts, dx = 200) df <- over(Hex, meuse.grid) spdf <- SpatialPointsDataFrame(HexPts, df) HexDf <- new("SpatialHexGridDataFrame", spdf, dx = 200) ################################################### ### code chunk number 48: csdacm.Rnw:676-679 ################################################### is(HexDf, "SpatialHexGrid") setIs("SpatialHexGridDataFrame", "SpatialHexGrid") is(HexDf, "SpatialHexGrid") ################################################### ### code chunk number 49: csdacm.Rnw:689-690 ################################################### options("width"=50) ################################################### ### code chunk number 50: csdacm.Rnw:692-701 ################################################### # NOT TOO WIDE setAs("SpatialHexGrid", "SpatialPolygons", function(from) HexPoints2SpatialPolygons(from, from@dx) ) setAs("SpatialHexGridDataFrame", "SpatialPolygonsDataFrame", function(from) SpatialPolygonsDataFrame(as(obj, "SpatialPolygons"), obj@data, match.ID = FALSE) ) ################################################### ### code chunk number 51: csdacm.Rnw:703-704 ################################################### options("width"=70) ################################################### ### code chunk number 52: csdacm.Rnw:711-724 ################################################### setMethod("plot", signature(x = "SpatialHexGrid", y = "missing"), function(x, y, ...) plot(as(x, "SpatialPolygons"), ...) ) setMethod("spplot", signature(obj = "SpatialHexGridDataFrame"), function(obj, ...) spplot(SpatialPolygonsDataFrame( as(obj, "SpatialPolygons"), obj@data, match.ID = FALSE), ...) ) setMethod("spsample", "SpatialHexGrid", function(x, n, type, ...) spsample(as(x, "SpatialPolygons"), n = n, type = type, ...) ) setMethod("over", c("SpatialHexGrid", "SpatialPoints"), function(x, y, ...) over(as(x, "SpatialPolygons"), y) ) ################################################### ### code chunk number 53: csdacm.Rnw:730-732 (eval = FALSE) ################################################### ## spplot(meuse.grid["dist"], sp.layout = list("sp.points", Hex, col = 1)) ## spplot(HexDf["dist"]) ################################################### ### code chunk number 54: csdacm.Rnw:739-740 (eval = FALSE) ################################################### ## as(HexDf, "data.frame") ################################################### ### code chunk number 55: csdacm.Rnw:747-749 ################################################### bbox(Hex) bbox(as(Hex, "SpatialPolygons")) ################################################### ### code chunk number 56: csdacm.Rnw:770-776 ################################################### n <- 10 x <- data.frame(expand.grid(x1 = 1:n, x2 = 1:n, x3 = 1:n), z = rnorm(n^3)) coordinates(x) <- ~x1+x2+x3 gridded(x) <- TRUE fullgrid(x) <- TRUE summary(x) ################################################### ### code chunk number 57: csdacm.Rnw:791-792 ################################################### options("width"=50) ################################################### ### code chunk number 58: csdacm.Rnw:794-801 ################################################### # NOT TOO WIDE setClass("SpatialTimeGrid", "SpatialGrid", validity <- function(object) { stopifnot(dimensions(object) == 3) TRUE } ) ################################################### ### code chunk number 59: csdacm.Rnw:803-804 ################################################### options("width"=70) ################################################### ### code chunk number 60: csdacm.Rnw:811-819 ################################################### setClass("SpatialTimeGridDataFrame", "SpatialGridDataFrame", validity <- function(object) { stopifnot(dimensions(object) == 3) TRUE } ) setIs("SpatialTimeGridDataFrame", "SpatialTimeGrid") x <- new("SpatialTimeGridDataFrame", x) ################################################### ### code chunk number 61: csdacm.Rnw:824-835 ################################################### summary.SpatialTimeGridDataFrame <- function(object, ...) { cat("Object of class SpatialTimeGridDataFrame\n") x <- gridparameters(object) t0 <- ISOdate(1970,1,1,0,0,0) t1 <- t0 + x[3,1] cat(paste("first time step:", t1, "\n")) t2 <- t0 + x[3,1] + (x[3,3] - 1) * x[3,2] cat(paste("last time step: ", t2, "\n")) cat(paste("time step: ", x[3,2], "\n")) summary(as(object, "SpatialGridDataFrame")) } ################################################### ### code chunk number 62: csdacm.Rnw:837-838 ################################################### options("width"=50) ################################################### ### code chunk number 63: csdacm.Rnw:840-843 ################################################### # NOT TOO WIDE setMethod("summary", "SpatialTimeGridDataFrame", summary.SpatialTimeGridDataFrame) summary(x) ################################################### ### code chunk number 64: csdacm.Rnw:845-846 ################################################### options("width"=70) ################################################### ### code chunk number 65: csdacm.Rnw:853-880 ################################################### subs.SpatialTimeGridDataFrame <- function(x, i, j, ..., drop=FALSE) { t <- coordinates(x)[,3] + ISOdate(1970,1,1,0,0,0) if (missing(j)) j <- TRUE sel <- t %in% i if (! any(sel)) stop("selection results in empty set") fullgrid(x) <- FALSE if (length(i) > 1) { x <- x[i = sel, j = j,...] fullgrid(x) <- TRUE as(x, "SpatialTimeGridDataFrame") } else { gridded(x) <- FALSE x <- x[i = sel, j = j,...] cc <- coordinates(x)[,1:2] p4s <- CRS(proj4string(x)) # NOT TOO WIDE SpatialPixelsDataFrame(cc, x@data, proj4string = p4s) } } setMethod("[", c("SpatialTimeGridDataFrame", "POSIXct", "ANY"), subs.SpatialTimeGridDataFrame) t1 <- as.POSIXct("1970-01-01 0:00:03", tz = "GMT") t2 <- as.POSIXct("1970-01-01 0:00:05", tz = "GMT") summary(x[c(t1,t2)]) summary(x[t1]) ################################################### ### code chunk number 66: csdacm.Rnw:893-906 ################################################### spplot.stgdf <- function(obj, zcol = 1, ..., format = NULL) { # NOT TOO WIDE if (length(zcol) != 1) stop("can only plot a single attribute") if (is.null(format)) format <- "%Y-%m-%d %H:%M:%S" cc <- coordinates(obj) df <- unstack(data.frame(obj[[zcol]], cc[,3])) ns <- as.character(coordinatevalues(getGridTopology(obj))[[3]] + ISOdate(1970,1,1,0,0,0), format = format) cc2d <- cc[cc[,3] == min(cc[,3]), 1:2] obj <- SpatialPixelsDataFrame(cc2d, df) spplot(obj, names.attr = ns,...) } setMethod("spplot", "SpatialTimeGridDataFrame", spplot.stgdf) ################################################### ### code chunk number 67: csdacm.Rnw:912-918 ################################################### .iwidth <- 6 .iheight <- 4 .PngNo <- .PngNo + 1; file <- paste("Fig-bitmap-", .PngNo, ".pdf", sep="") pdf(file=file, width = .iwidth, height = .iheight, pointsize = .ipointsize) opar <- par(mar=c(3,3,1,1)+0.1) print(spplot(x, format = "%H:%M:%S", as.table=TRUE)) dev.null <- dev.off() cat("\\includegraphics[width=0.95\\textwidth]{", file, "}\n\n", sep="") .iwidth <- 5 .iheight <- 6 .ipointsize <- 12 ################################################### ### code chunk number 68: csdacm.Rnw:927-932 (eval = FALSE) ################################################### ## library(lattice) ## trellis.par.set(canonical.theme(color = FALSE)) ## spplot(x, format = "%H:%M:%S", as.table=TRUE, cuts=6, ## col.regions=grey.colors(7, 0.55, 0.95, 2.2)) ## # RSB quietening greys ################################################### ### code chunk number 69: csdacm.Rnw:938-939 (eval = FALSE) ################################################### ## ?as.character.POSIXt ################################################### ### code chunk number 70: csdacm.Rnw:963-969 ################################################### library(gstat) data(meuse) coordinates(meuse) <- ~x+y v <- vgm(.5, "Sph", 800, .05) sim <- krige(log(zinc)~1, meuse, meuse.grid, v, nsim=100, nmax=30) sim@data <- exp(sim@data) ################################################### ### code chunk number 71: csdacm.Rnw:977-981 ################################################### quantile.Spatial <- function(x, ..., byLayer = FALSE) { stopifnot("data" %in% slotNames(x)) apply(x@data, ifelse(byLayer, 2, 1), quantile, ...) } ################################################### ### code chunk number 72: csdacm.Rnw:987-989 ################################################### sim$lower <- quantile.Spatial(sim[1:100], probs = 0.025) sim$upper <- quantile.Spatial(sim[1:100], probs = 0.975) ################################################### ### code chunk number 73: csdacm.Rnw:996-997 ################################################### medians <- quantile.Spatial(sim[1:100], probs = 0.5, byLayer = TRUE) ################################################### ### code chunk number 74: csdacm.Rnw:999-1000 (eval = FALSE) ################################################### ## hist(medians) ################################################### ### code chunk number 75: csdacm.Rnw:1014-1015 ################################################### options("width"=50) ################################################### ### code chunk number 76: csdacm.Rnw:1017-1022 ################################################### fractionBelow <- function(x, q, byLayer = FALSE) { stopifnot(is(x, "Spatial") || !("data" %in% slotNames(x))) apply(x@data < q, ifelse(byLayer, 2, 1), function(r) sum(r)/length(r)) # NOT TOO WIDE } ################################################### ### code chunk number 77: csdacm.Rnw:1024-1025 ################################################### options("width"=70) ################################################### ### code chunk number 78: csdacm.Rnw:1027-1030 ################################################### over500 <- 1 - fractionBelow(sim[1:100], 200, byLayer = TRUE) summary(over500) quantile(over500, c(0.025, 0.975)) ################################################### ### code chunk number 79: csdacm.Rnw:1047-1048 ################################################### fn <- system.file("pictures/erdas_spnad83.tif", package = "rgdal")[1] ################################################### ### code chunk number 80: csdacm.Rnw:1050-1053 (eval = FALSE) ################################################### ## x <- readGDAL(fn, output.dim = c(120, 132)) ## x$band1[x$band1 <= 0] <- NA ## spplot(x, col.regions=bpy.colors()) ################################################### ### code chunk number 81: csdacm.Rnw:1064-1070 ################################################### library(rgdal) x <- GDAL.open(fn) class(x) x.subs <- x[1:100, 1:100, 1] class(x.subs) gridparameters(x.subs) ################################################### ### code chunk number 82: csdacm.Rnw:1088-1089 ################################################### options("width"=50) ################################################### ### code chunk number 83: csdacm.Rnw:1091-1096 ################################################### setClass("SpatialGDAL", representation("Spatial", grid = "GridTopology", grod = "GDALReadOnlyDataset", # NOT TOO WIDE name = "character")) setClass("SpatialGDALWrite", "SpatialGDAL") ################################################### ### code chunk number 84: csdacm.Rnw:1098-1099 ################################################### options("width"=70) ################################################### ### code chunk number 85: csdacm.Rnw:1110-1126 (eval = FALSE) ################################################### ## x <- open.SpatialGDAL(fn) ## nrows <- GDALinfo(fn)["rows"] ## ncols <- GDALinfo(fn)["columns"] ## xout <- copy.SpatialGDAL(x, "erdas_spnad83_out.tif") ## bls <- 20 ## for (i in 1:(nrows/bls - 1)) { ## r <- 1+(i-1)*bls ## for (j in 1:(ncols/bls - 1)) { ## c <- 1+(j-1)*bls ## x.in <- x[r:(r+bls),c:(c+bls)] ## xout[r:(r+bls),c:(c+bls)] <- x.in$band1 + 10 #$ ## } ## cat(paste("row-block", i, "\n")) ## } ## close(x) ## close(xout) ################################################### ### code chunk number 86: csdacm.Rnw:1133-1140 (eval = FALSE) ################################################### ## setMethod("[", "SpatialGDAL", ## function(x, i, j, ... , drop = FALSE) ## x@grod[i = i, j = j, ...] ## ) ## setReplaceMethod("[", "SpatialGDALWrite", function(x, i, j, ..., value) { ## ... ## }) ################################################### ### code chunk number 87: csdacm.Rnw:1166-1167 ################################################### options("width"=owidth)