EVOLUTION-MANAGER

Edit File: bcsft.R

### R code from vignette source 'bcsft.Rnw' ### Encoding: UTF-8 ################################################### ### code chunk number 1: bcsft.Rnw:74-78 ################################################### library(qtl) listeria.bc2s3<-read.cross(format="csv", file=system.file(file.path("sampledata", "listeria.csv"), package = "qtl"), BC.gen=2, F.gen=3) ################################################### ### code chunk number 2: bcsft.Rnw:82-84 ################################################### data(hyper) hyper3 <- convert2bcsft(hyper, BC.gen = 3) ################################################### ### code chunk number 3: bcsft.Rnw:92-96 ################################################### listeria.f2<-read.cross(format="csv", file=system.file(file.path("sampledata", "listeria.csv"), package = "qtl")) map.bc2s3 <- est.map(listeria.bc2s3) map.f2<-est.map(listeria.f2) ################################################### ### code chunk number 4: bcsft.Rnw:101-103 ################################################### map.bc1 <- est.map(hyper) map.bc3<-est.map(hyper3) ################################################### ### code chunk number 5: bcsft.Rnw:107-108 ################################################### plot(map.f2, map.bc2s3, label=FALSE, main="") ################################################### ### code chunk number 6: bcsft.Rnw:115-116 ################################################### plot(map.bc1, map.bc3, label=FALSE, main="") ################################################### ### code chunk number 7: bcsft.Rnw:126-134 ################################################### listeria.bc2s3<-replace.map(listeria.bc2s3, map.f2) listeria.f2<-replace.map(listeria.f2, map.f2) listeria.f2<-calc.genoprob(listeria.f2, step=1 ) one.f2<-scanone(listeria.f2, method="em",pheno.col=1) listeria.bc2s3<-calc.genoprob(listeria.bc2s3, step=1 ) one.bc2s3<-scanone(listeria.bc2s3, method="em",pheno.col=1) ################################################### ### code chunk number 8: bcsft.Rnw:138-139 ################################################### plot(one.f2, one.bc2s3, col=c("red", "purple")) ################################################### ### code chunk number 9: bcsft.Rnw:145-153 ################################################### hyper3<-replace.map(hyper3, map.bc1) hyper<-replace.map(hyper, map.bc1) hyper<-calc.genoprob(hyper, step=1 ) one.hyp<-scanone(hyper, method="em",pheno.col=1) hyper3<-calc.genoprob(hyper3, step=1 ) one.hyp3<-scanone(hyper3, method="em",pheno.col=1) ################################################### ### code chunk number 10: bcsft.Rnw:157-158 ################################################### plot(one.hyp, one.hyp3, col=c("red", "purple"))