EVOLUTION-MANAGER

Edit File: over.R

### R code from vignette source 'over.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: over.Rnw:105-107 (eval = FALSE) ################################################### ## A %over% B ## over(A, B) ################################################### ### code chunk number 2: over.Rnw:117-118 (eval = FALSE) ################################################### ## A[B,] ################################################### ### code chunk number 3: over.Rnw:121-122 (eval = FALSE) ################################################### ## A[!is.na(over(A,B)),] ################################################### ### code chunk number 4: over.Rnw:125-141 ################################################### library(sp) x = c(0.5, 0.5, 1.0, 1.5) y = c(1.5, 0.5, 0.5, 0.5) xy = cbind(x,y) dimnames(xy)[[1]] = c("a", "b", "c", "d") pts = SpatialPoints(xy) xpol = c(0,1,1,0,0) ypol = c(0,0,1,1,0) pol = SpatialPolygons(list( Polygons(list(Polygon(cbind(xpol-1.05,ypol))), ID="x1"), Polygons(list(Polygon(cbind(xpol,ypol))), ID="x2"), Polygons(list(Polygon(cbind(xpol,ypol - 1.0))), ID="x3"), Polygons(list(Polygon(cbind(xpol + 1.0, ypol))), ID="x4"), Polygons(list(Polygon(cbind(xpol+.4, ypol+.1))), ID="x5") )) ################################################### ### code chunk number 5: over.Rnw:146-154 ################################################### library(RColorBrewer) pal = brewer.pal(5, "Set2") plot(pol, xlim = c(-1.1, 2.1), ylim = c(-1.1, 1.6), border=pal, axes=TRUE, col = paste0(pal, "4D")) points(pts, col='red') text(c(-1,0.1,0.1,1.9,0.45), c(0.05,0.05,-.95,0.05,0.15), c("x1", "x2", "x3", "x4", "x5")) text(coordinates(pts), pos=1, row.names(pts)) ################################################### ### code chunk number 6: over.Rnw:161-162 ################################################### over(pts, pol) ################################################### ### code chunk number 7: over.Rnw:169-170 ################################################### over(pts, pol, returnList = TRUE) ################################################### ### code chunk number 8: over.Rnw:176-177 ################################################### pts[pol] ################################################### ### code chunk number 9: over.Rnw:182-185 ################################################### over(pol, pts) over(pol, pts, returnList = TRUE) row.names(pol[pts]) ################################################### ### code chunk number 10: over.Rnw:190-191 ################################################### over(pol, pol, returnList = TRUE) ################################################### ### code chunk number 11: over.Rnw:210-219 ################################################### zdf = data.frame(z1 = 1:4, z2=4:1, f = c("a", "a", "b", "b"), row.names = c("a", "b", "c", "d")) zdf ptsdf = SpatialPointsDataFrame(pts, zdf) zpl = data.frame(z = c(10, 15, 25, 3, 0), zz=1:5, f = c("z", "q", "r", "z", "q"), row.names = c("x1", "x2", "x3", "x4", "x5")) zpl poldf = SpatialPolygonsDataFrame(pol, zpl) ################################################### ### code chunk number 12: over.Rnw:223-224 ################################################### over(pts, poldf) ################################################### ### code chunk number 13: over.Rnw:232-233 ################################################### over(pts, poldf[1:2], fn = mean) ################################################### ### code chunk number 14: over.Rnw:238-239 ################################################### over(pts, poldf, returnList = TRUE) ################################################### ### code chunk number 15: over.Rnw:243-245 ################################################### over(pol, ptsdf) over(pol, ptsdf[1:2], fn = mean) ################################################### ### code chunk number 16: over.Rnw:263-266 ################################################### l1 = Lines(Line(coordinates(pts)), "L1") l2 = Lines(Line(rbind(c(1,1.5), c(1.5,1.5))), "L2") L = SpatialLines(list(l1,l2)) ################################################### ### code chunk number 17: over.Rnw:290-294 ################################################### plot(pol, xlim = c(-1.1, 2.1), ylim = c(-1.1, 1.6), border=2:6, axes=TRUE) text(c(-1,0.1,0.1,1.1,0.45), c(0,0,-1.05,0,0.1), c("x1", "x2", "x3", "x4", "x5")) lines(L, col = 'green') text(c(0.52, 1.52), c(1.5, 1.5), c("L1", "L2")) ################################################### ### code chunk number 18: over.Rnw:302-311 ################################################### library(rgeos) over(pol, pol) over(pol, pol,returnList = TRUE) over(pol, L) over(L, pol) over(L, pol, returnList = TRUE) over(L, L) over(pts, L) over(L, pts) ################################################### ### code chunk number 19: over.Rnw:316-324 ################################################### data(meuse.grid) gridded(meuse.grid) = ~x+y Pt = list(x = c(178274.9,181639.6), y = c(329760.4,333343.7)) sl = SpatialLines(list(Lines(Line(cbind(Pt$x,Pt$y)), "L1"))) image(meuse.grid) xo = over(sl, geometry(meuse.grid), returnList = TRUE) image(meuse.grid[xo[[1]], ],col=grey(0.5),add=T) lines(sl) ################################################### ### code chunk number 20: over.Rnw:335-340 ################################################### g = SpatialGrid(GridTopology(c(0,0), c(1,1), c(3,3))) p = as(g, "SpatialPolygons") px = as(g, "SpatialPixels") plot(g) text(coordinates(g), labels = 1:9) ################################################### ### code chunk number 21: over.Rnw:344-348 ################################################### over(g,g) over(p,p) over(p,g) over(g,p) ################################################### ### code chunk number 22: over.Rnw:353-355 ################################################### over(px[5], g, returnList = TRUE) over(p[c(1,5)], p, returnList = TRUE) ################################################### ### code chunk number 23: over.Rnw:371-373 ################################################### over(px[5], g, returnList = TRUE, minDimension = 0) over(p[c(1,5)], p, returnList = TRUE, minDimension = 0) ################################################### ### code chunk number 24: over.Rnw:393-394 ################################################### over(p, p, minDimension = 0) ################################################### ### code chunk number 25: over.Rnw:398-409 ################################################### x2 = x1 = cbind(c(0,1,1,0,0), c(0,0,1,1,0)) x1[,1] = x1[,1]+0.5 x1[,2] = x1[,2]+0.25 sp = SpatialPolygons(list( Polygons(list(Polygon(x1)), "x1"), Polygons(list(Polygon(x2)), "x2"))) pt = SpatialPoints(cbind(0.5,0.5)) # on border of x1 row.names(pt) = "pt1" plot(sp, axes = TRUE) text(c(0.05, 0.55, 0.55), c(0.9, 1.15, 0.5), c("x1","x2", "pt")) plot(pt, add=TRUE, col='red', pch=16) ################################################### ### code chunk number 26: over.Rnw:415-421 ################################################### over(pt,sp) over(pt,sp,minDimension=0) over(pt,sp,returnList=TRUE) rgeos::overGeomGeom(pt,sp) rgeos::overGeomGeom(pt,sp,returnList=TRUE) rgeos::overGeomGeom(pt,sp,returnList=TRUE,minDimension=0) ################################################### ### code chunk number 27: over.Rnw:437-443 ################################################### over(p[5], p, returnList=TRUE, minDimension=0) over(p[5], p, returnList=TRUE, minDimension=1) over(p[5], p, returnList=TRUE, minDimension=2) rgeos::overGeomGeom(pt, pt, minDimension=2) # empty rgeos::overGeomGeom(pt, pt, minDimension=1) # empty rgeos::overGeomGeom(pt, pt, minDimension=0) ################################################### ### code chunk number 28: over.Rnw:449-455 ################################################### data(meuse.grid) gridded(meuse.grid) = ~x+y off = gridparameters(meuse.grid)$cellcentre.offset + 20 gt = GridTopology(off, c(400,400), c(8,11)) SG = SpatialGrid(gt) agg = aggregate(meuse.grid[3], SG, mean) ################################################### ### code chunk number 29: over.Rnw:465-467 ################################################### image(agg) points(meuse.grid, pch = 3, cex=.2, col = "#80808080") ################################################### ### code chunk number 30: over.Rnw:476-479 ################################################### sl.agg = aggregate(meuse.grid[,1:3], sl, mean) class(sl.agg) as.data.frame(sl.agg) ################################################### ### code chunk number 31: over.Rnw:492-501 ################################################### g = SpatialGrid(GridTopology(c(5,5), c(10,10), c(3,3))) p = as(g, "SpatialPolygons") p$z = c(1,0,1,0,1,0,1,0,1) cc = coordinates(g) p$ag1 = aggregate(p, p, mean)[[1]] p$ag1a = aggregate(p, p, mean, minDimension = 0)[[1]] p$ag2 = aggregate(p, p, mean, minDimension = 1)[[1]] p$ag3 = aggregate(p, p, mean, minDimension = 2)[[1]] p$ag4 = aggregate(p, p, areaWeighted=TRUE)[[1]] ################################################### ### code chunk number 32: over.Rnw:505-521 ################################################### pts = cbind(c(9,21,21,9,9),c(9,9,21,21,9)) sq = SpatialPolygons(list(Polygons(list(Polygon(pts)), "ID"))) rnd2 = function(x) round(x, 2) l = list( list("sp.text", cc, rnd2(p$z), which = 1), list("sp.text", cc, rnd2(p$ag1), which = 2), list("sp.text", cc, rnd2(p$ag1a), which = 3), list("sp.text", cc, rnd2(p$ag2), which = 4), list("sp.text", cc, rnd2(p$ag3), which = 5), list("sp.text", cc, rnd2(p$ag4), which = 6), list(sq, col = 'green', which = 6, first = FALSE, lwd = 2) ) spplot(p, names.attr = c("source", "default aggregate", "minDimension=0", "minDimension=1", "minDimension=2", "areaWeighted=TRUE"), layout = c(3,2), as.table=TRUE, col.regions=bpy.colors(151)[50:151], cuts=100, sp.layout = l, scales = list(draw = TRUE)) ################################################### ### code chunk number 33: over.Rnw:538-544 ################################################### round(c( aggDefault = aggregate(p, sq, mean)[[1]], aggMinDim0 = aggregate(p, sq, mean, minDimension = 0)[[1]], aggMinDim1 = aggregate(p, sq, mean, minDimension = 1)[[1]], aggMinDim2 = aggregate(p, sq, mean, minDimension = 2)[[1]], areaWeighted = aggregate(p, sq, areaWeighted=TRUE)[[1]]), 3)