EVOLUTION-MANAGER

Edit File: intro_sp.R

### R code from vignette source 'intro_sp.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: intro_sp.Rnw:76-77 ################################################### library(sp) ################################################### ### code chunk number 2: intro_sp.Rnw:80-82 ################################################### set.seed(13331) # library(lattice) ################################################### ### code chunk number 3: intro_sp.Rnw:186-190 ################################################### xc = round(runif(10), 2) yc = round(runif(10), 2) xy = cbind(xc, yc) xy ################################################### ### code chunk number 4: intro_sp.Rnw:195-198 ################################################### xy.sp = SpatialPoints(xy) xy.sp plot(xy.sp, pch = 2) ################################################### ### code chunk number 5: intro_sp.Rnw:204-205 ################################################### plot(xy.sp, pch = 2) ################################################### ### code chunk number 6: intro_sp.Rnw:213-216 ################################################### xy.cc = coordinates(xy.sp) class(xy.cc) dim(xy.cc) ################################################### ### code chunk number 7: intro_sp.Rnw:220-227 ################################################### bbox(xy.sp) dimensions(xy.sp) xy.sp[1:2] xy.df = as.data.frame(xy.sp) class(xy.df) dim(xy.df) summary(xy.sp) ################################################### ### code chunk number 8: intro_sp.Rnw:235-249 ################################################### df = data.frame(z1 = round(5 + rnorm(10), 2), z2 = 20:29) df xy.spdf = SpatialPointsDataFrame(xy.sp, df) xy.spdf summary(xy.spdf) dimensions(xy.spdf) xy.spdf[1:2, ] # selects row 1 and 2 xy.spdf[1] # selects attribute column 1, along with the coordinates xy.spdf[1:2, "z2"] # select row 1,2 and attribute "z2" xy.df = as.data.frame(xy.spdf) xy.df[1:2,] xy.cc = coordinates(xy.spdf) class(xy.cc) dim(xy.cc) ################################################### ### code chunk number 9: intro_sp.Rnw:260-263 ################################################### df1 = data.frame(xy, df) coordinates(df1) = c("xc", "yc") df1 ################################################### ### code chunk number 10: intro_sp.Rnw:266-270 ################################################### df2 = data.frame(xy, df) coordinates(df2) = ~xc+yc df2[1:2,] as.data.frame(df2)[1:2,] ################################################### ### code chunk number 11: intro_sp.Rnw:278-279 ################################################### coordinates(df2)[1:2,] ################################################### ### code chunk number 12: intro_sp.Rnw:283-287 ################################################### df2[["z2"]] df2[["z2"]][10] = 20 df2[["z3"]] = 1:10 summary(df2) ################################################### ### code chunk number 13: intro_sp.Rnw:291-293 (eval = FALSE) ################################################### ## bubble(df2, "z1", key.space = "bottom") ## spplot(df2, "z1", key.space = "bottom") ################################################### ### code chunk number 14: intro_sp.Rnw:299-301 ################################################### print(bubble(df2, "z1", key.space = "bottom"), split = c(1,1,2,1), more=TRUE) print(spplot(df2, "z1", key.space = "bottom"), split = c(2,1,2,1), more=FALSE) ################################################### ### code chunk number 15: intro_sp.Rnw:320-323 ################################################### gt = GridTopology(cellcentre.offset = c(1,1,2), cellsize=c(1,1,1), cells.dim = c(3,4,6)) grd = SpatialGrid(gt) summary(grd) ################################################### ### code chunk number 16: intro_sp.Rnw:327-328 ################################################### gridparameters(grd) ################################################### ### code chunk number 17: intro_sp.Rnw:334-339 ################################################### pts = expand.grid(x = 1:3, y = 1:4, z=2:7) grd.pts = SpatialPixels(SpatialPoints(pts)) summary(grd.pts) grd = as(grd.pts, "SpatialGrid") summary(grd) ################################################### ### code chunk number 18: intro_sp.Rnw:351-358 ################################################### attr = expand.grid(xc = 1:3, yc = 1:3) grd.attr = data.frame(attr, z1 = 1:9, z2 = 9:1) coordinates(grd.attr) = ~xc+yc gridded(grd.attr) gridded(grd.attr) = TRUE gridded(grd.attr) summary(grd.attr) ################################################### ### code chunk number 19: intro_sp.Rnw:370-377 ################################################### fullgrid(grd) fullgrid(grd.pts) fullgrid(grd.attr) fullgrid(grd.pts) = TRUE fullgrid(grd.attr) = TRUE fullgrid(grd.pts) fullgrid(grd.attr) ################################################### ### code chunk number 20: intro_sp.Rnw:411-415 ################################################### fullgrid(grd.attr) = FALSE grd.attr[1:5, "z1"] fullgrid(grd.attr) = TRUE grd.attr[1:2,-2, c("z2","z1")] ################################################### ### code chunk number 21: intro_sp.Rnw:426-437 ################################################### l1 = cbind(c(1,2,3),c(3,2,2)) l1a = cbind(l1[,1]+.05,l1[,2]+.05) l2 = cbind(c(1,2,3),c(1,1.5,1)) Sl1 = Line(l1) Sl1a = Line(l1a) Sl2 = Line(l2) S1 = Lines(list(Sl1, Sl1a), ID="a") S2 = Lines(list(Sl2), ID="b") Sl = SpatialLines(list(S1,S2)) summary(Sl) plot(Sl, col = c("red", "blue")) ################################################### ### code chunk number 22: intro_sp.Rnw:445-448 ################################################### df = data.frame(z = c(1,2), row.names=sapply(slot(Sl, "lines"), function(x) slot(x, "ID"))) Sldf = SpatialLinesDataFrame(Sl, data = df) summary(Sldf) ################################################### ### code chunk number 23: intro_sp.Rnw:460-471 ################################################### Sr1 = Polygon(cbind(c(2,4,4,1,2),c(2,3,5,4,2))) Sr2 = Polygon(cbind(c(5,4,2,5),c(2,3,2,2))) Sr3 = Polygon(cbind(c(4,4,5,10,4),c(5,3,2,5,5))) Sr4 = Polygon(cbind(c(5,6,6,5,5),c(4,4,3,3,4)), hole = TRUE) Srs1 = Polygons(list(Sr1), "s1") Srs2 = Polygons(list(Sr2), "s2") Srs3 = Polygons(list(Sr3, Sr4), "s3/4") SpP = SpatialPolygons(list(Srs1,Srs2,Srs3), 1:3) plot(SpP, col = 1:3, pbg="white") # plot(SpP) ################################################### ### code chunk number 24: intro_sp.Rnw:478-482 ################################################### attr = data.frame(a=1:3, b=3:1, row.names=c("s3/4", "s2", "s1")) SrDf = SpatialPolygonsDataFrame(SpP, attr) as(SrDf, "data.frame") spplot(SrDf) ################################################### ### code chunk number 25: intro_sp.Rnw:485-486 ################################################### print(spplot(SrDf)) ################################################### ### code chunk number 26: intro_sp.Rnw:490-492 ################################################### SrDf = attr polygons(SrDf) = SpP