EVOLUTION-MANAGER

Edit File: new_summary_scantwo.R

### R code from vignette source 'new_summary_scantwo.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: new_summary_scantwo.Rnw:37-38 ################################################### options(width=77) ################################################### ### code chunk number 2: loaddata (eval = FALSE) ################################################### ## library(qtl) ## data(hyper) ################################################### ### code chunk number 3: loadresults ################################################### load("hyper_results.RData") ################################################### ### code chunk number 4: scantwo (eval = FALSE) ################################################### ## hyper <- calc.genoprob(hyper, step=2.5) ## out2 <- scantwo(hyper) ################################################### ### code chunk number 5: summaryscantwoA ################################################### summary(out2, thresholds=c(6.0, 4.7, 4.4, 4.7, 2.6)) ################################################### ### code chunk number 6: summaryscantwoB ################################################### summary(out2, thresholds=c(6.0, 4.7, 4.4, 4.7, 2.6), what="full") summary(out2, thresholds=c(6.0, 4.7, 4.4, 4.7, 2.6), what="add") summary(out2, thresholds=c(6.0, 4.7, 4.4, 4.7, 2.6), what="int") ################################################### ### code chunk number 7: summaryscantwoC ################################################### summary(out2, allpairs=FALSE) ################################################### ### code chunk number 8: summaryscantwoD ################################################### summary(out2, thresholds=c(6.0, 4.7, 4.4, 4.7, 2.6), df=TRUE) ################################################### ### code chunk number 9: oldsummaryscantwo ################################################### summaryScantwoOld(out2, thresholds=c(6, 4, 4)) ################################################### ### code chunk number 10: scantwoperm (eval = FALSE) ################################################### ## operm2A <- scantwo(hyper, n.perm=200) ## operm2B <- scantwo(hyper, n.perm=200) ## operm2C <- scantwo(hyper, n.perm=200) ## operm2D <- scantwo(hyper, n.perm=200) ## operm2E <- scantwo(hyper, n.perm=200) ## operm2 <- c(operm2A, operm2B, operm2C, operm2D, operm2E) ################################################### ### code chunk number 11: summaryscantwoperm ################################################### summary(operm2, alpha=c(0.05,0.20)) ################################################### ### code chunk number 12: summaryscantwopermB ################################################### summary(out2, perms=operm2, alphas=rep(0.05, 5)) ################################################### ### code chunk number 13: summaryscantwopermC ################################################### summary(out2, perms=operm2, alphas=c(0.05, 0.05, 0, 0.05, 0.05)) ################################################### ### code chunk number 14: summaryscantwoD ################################################### summary(out2, perms=operm2, alphas=c(0.05, 0.05, 0, 0.05, 0.05), pvalues=TRUE) ################################################### ### code chunk number 15: plotscantwoA (eval = FALSE) ################################################### ## plot(out2, chr=c(1,4,6,15)) ################################################### ### code chunk number 16: plotscantwoAplot ################################################### plot(out2, chr=c(1,4,6,15),layout=list(cbind(1,2),c(5,1)), mar1=c(4,4,0,0)+0.1, mar2=c(4,2,0,2)+0.1) ################################################### ### code chunk number 17: plotscantwoB (eval = FALSE) ################################################### ## plot(out2, chr=c(1,4,6,15), upper="cond-int") ################################################### ### code chunk number 18: plotscantwoBplot ################################################### plot(out2, chr=c(1,4,6,15), upper="cond-int", layout=list(cbind(1,2),c(5,1)), mar1=c(4,4,0,0)+0.1, mar2=c(4,2,0,2)+0.1)