EVOLUTION-MANAGER

Edit File: new_summary_scanone.R

################################################### ### chunk number 1: ################################################### #line 38 "new_summary_scanone.Rnw" options(width=77) ################################################### ### chunk number 2: loaddata ################################################### #line 66 "new_summary_scanone.Rnw" library(qtl) data(fake.f2) ################################################### ### chunk number 3: loadresults ################################################### #line 71 "new_summary_scanone.Rnw" load("fakef2_results.RData") ################################################### ### chunk number 4: scanoneA eval=FALSE ################################################### ## #line 77 "new_summary_scanone.Rnw" ## fake.f2 <- calc.genoprob(fake.f2, step=2.5) ## out.f2 <- scanone(fake.f2, method="hk") ################################################### ### chunk number 5: summaryscanoneA ################################################### #line 85 "new_summary_scanone.Rnw" summary(out.f2, threshold=3, df=TRUE) ################################################### ### chunk number 6: scanonepermA eval=FALSE ################################################### ## #line 103 "new_summary_scanone.Rnw" ## operm1.f2 <- scanone(fake.f2, method="hk", n.perm=500, perm.Xsp=TRUE) ## operm2.f2 <- scanone(fake.f2, method="hk", n.perm=500, perm.Xsp=TRUE) ## operm.f2 <- c(operm1.f2, operm2.f2) ################################################### ### chunk number 7: summaryscanonepermA ################################################### #line 113 "new_summary_scanone.Rnw" summary(operm.f2, alpha=c(0.05, 0.20)) ################################################### ### chunk number 8: summaryscaononeB ################################################### #line 120 "new_summary_scanone.Rnw" summary(out.f2, perms=operm.f2, alpha=0.05, pvalues=TRUE) ################################################### ### chunk number 9: thestrata ################################################### #line 131 "new_summary_scanone.Rnw" sex <- fake.f2$pheno$sex pgm <- fake.f2$pheno$pgm strata <- sex + 2*pgm table(strata) ################################################### ### chunk number 10: scanonepermB eval=FALSE ################################################### ## #line 140 "new_summary_scanone.Rnw" ## operm1.f2strat <- scanone(fake.f2, method="hk", n.perm=250, ## perm.Xsp=TRUE, perm.strata=strata) ## operm2.f2strat <- scanone(fake.f2, method="hk", n.perm=250, ## perm.Xsp=TRUE, perm.strata=strata) ## operm3.f2strat <- scanone(fake.f2, method="hk", n.perm=250, ## perm.Xsp=TRUE, perm.strata=strata) ## operm4.f2strat <- scanone(fake.f2, method="hk", n.perm=250, ## perm.Xsp=TRUE, perm.strata=strata) ## operm.f2strat <- c(operm1.f2strat, operm2.f2strat, operm3.f2strat, ## operm4.f2strat) ################################################### ### chunk number 11: summaryscanonepermB ################################################### #line 154 "new_summary_scanone.Rnw" summary(operm.f2strat, alpha=c(0.05, 0.20)) ################################################### ### chunk number 12: fakebc ################################################### #line 162 "new_summary_scanone.Rnw" data(fake.bc) ################################################### ### chunk number 13: loaddataB ################################################### #line 166 "new_summary_scanone.Rnw" load("fakebc_results.RData") ################################################### ### chunk number 14: scanoneB eval=FALSE ################################################### ## #line 172 "new_summary_scanone.Rnw" ## fake.bc <- calc.genoprob(fake.bc, step=2.5) ## out.bc <- scanone(fake.bc, pheno.col=1:2, method="hk") ################################################### ### chunk number 15: summaryscanoneC ################################################### #line 181 "new_summary_scanone.Rnw" summary(out.bc, threshold=3) ################################################### ### chunk number 16: summaryscanoneD ################################################### #line 187 "new_summary_scanone.Rnw" summary(out.bc, threshold=3, lodcolumn=2) ################################################### ### chunk number 17: summaryscanoneE ################################################### #line 193 "new_summary_scanone.Rnw" summary(out.bc, threshold=3, format="allpheno") ################################################### ### chunk number 18: summaryscanoneF ################################################### #line 205 "new_summary_scanone.Rnw" summary(out.bc, threshold=c(3,2.5), format="allpeaks") ################################################### ### chunk number 19: scanonepermC eval=FALSE ################################################### ## #line 212 "new_summary_scanone.Rnw" ## operm.bc <- scanone(out.bc, pheno.col=1:2, method="hk", n.perm=1000) ################################################### ### chunk number 20: summaryscanonepermC ################################################### #line 217 "new_summary_scanone.Rnw" summary(operm.bc, alpha=0.05) ################################################### ### chunk number 21: summaryscanoneG ################################################### #line 223 "new_summary_scanone.Rnw" summary(out.bc, perms=operm.bc, alpha=0.05, format="allpeaks", pvalues=TRUE)